PHP化、ページ分割ともに上2つのリンク先に詳しく書かれているので簡単にできると思います。

しかし、なぜかPHPファイルのパーミッションが000に。FTPソフトで直すも、リビルドする度に設定が戻ってしまう。散々悩んだ挙げ句、上の三つ目のリンクに辿りつきました。が、早速設定を変えてみるも表示されない・・・。当たり前ですよね。644だと実行が出来ない。っていうか、やりたい事と記事の内容の方向性が違うし・・・。(でもできる所はそうしておいた方がいいと思います。)どうやったら755にできるのか、参考になるサイトを探していました。
そんなとき、petitさん(謝々)とメッセで話していたら一言。

『(mt.cfgにある)HTMLPermsってやつは?』

ドンピシャでした。これの頭にある#を消すとリビルド後のパーミッションが755になるみたいです。(最初はそのすぐ下にあるUploadPermsの#も削っていたのですが、やめた方がいいと思います。アップロードした画像が実行できるってことになってしまうので。)

ところで、mt.cfgに書いてある0022とかって何を意味しているんでしょう。昔にパーミッションの4ケタ表記って見た事あるような気がするのですが・・・。

+++追記+++
UploadPermsの#は消さなきゃなんないかも。でないとアップロード時に生成されるファイルが実行できないってことになる(?)。
なので、上に書いてあるパーミッションに関する記事は嘘が含まれています。なので気をつけて下さい。
仕組みは大体わかったので、落ち着いたらちゃんとまとめてここに書くなり、新しくエントリーするなりします。